艾滋病药物的副作用包括胃肠道不适、肝肾功能损伤、过敏反应、神经感觉异常等，由于具体用药以及个人体质不同，副作用不同。
1、胃肠道不适：多数药物具有一定的刺激性服用药物后可能会刺激胃黏膜使胃酸分泌增加，出现反酸、胃痛、呕吐、腹泻、恶心等不适症状。
2、肝肾功能损伤：硫酸阿扎那韦胶囊、硫酸茚地那韦片等蛋白酶抑制剂，拉替拉韦钾片、富马酸替诺福韦艾拉酚胺片等整合酶抑制剂，需要经过肝肾进行代谢，长期用药会加重肝肾代谢负担造成肝肾功能损伤，会出现少尿、水肿、黄疸、患肢疼痛等症状，建议用药期间密切监测肝肾功能。
3、过敏反应：艾滋病患者对治疗药物中的任何一种成分都有过敏的可能性，用药后可能会引发特异性的免疫反应，出现丘疹、红肿、瘙痒、疼痛等现象，若不注意护理或坚持用药可能会出现局部黏膜的溃烂的现象。常见有拉米夫定片、恩曲他滨替诺福韦片等核苷类逆转录酶抑制剂，比克恩丙诺片、多替拉韦钠片等整合酶抑制剂。
4、神经感觉异常：部分药物可能会影响神经系统，造成神经感觉异常的显现，出现肢体的麻木、失眠、头痛和有刺痛感或蚁走感等症状。容易引发该现象的药物有奈韦拉平片、依非韦伦片等。
5、线粒体功能异常：核苷类药物如阿巴卡韦拉米夫定片、齐多夫定片等，可能会造成线粒体结构或功能异常的情况，容易引发肌肉病变出现运动不耐受症，出现疲倦、肌肉萎缩、下肢沉重等。
6、其他：艾滋病常用的注射用艾博韦泰、注射用西夫韦肽等，在注射后都会引发局部硬块、红肿、疼痛、瘙痒的现象。
艾滋病药物应在医生指导下规范用药，用药后应进行密切观察，如果出现异常情况需要到皮肤性病科、传染病科就诊，在医生建议下调整转过来方案，不可私自更换药物治疗，不利于疾病控制。