鸡尾酒疗法主要是能够降低艾滋病患者的发病率和死亡率，但无法彻底将病毒从患者身上根除，而且可能会严重并且可能致命的副作用。具体包括：
1、药物在服用的头几个星期，会导致睡眠质量下降，让患者做噩梦，使得患者精神紧张害怕。
2、鸡尾酒疗法副作用较为明显，主要包括脂质营养不良、背腹部脂肪异常堆积、血脂浓度异常升高等症状，其中最严重的会发生肝衰竭和糖尿病等。
3、鸡尾酒疗法能够将患者血液中的病毒控制在几乎无法探测到的水平，但艾滋病病毒仍然在某些器官如淋巴结和生殖道进行缓慢的复制。
此外，艾滋病病毒在蛋白酶抑制剂及多种抗病毒药物的混合控制下，会隐藏在某些器官中，一旦停止服药或药物停止作用，艾滋病病毒就会迅速反弹增加等。